As terras onde se localiza a sede do município de Pedra Preta, antes de serem colonizadas, pertenciam a Noda Guenko, de nacionalidade japonesa. No início da década de cinquenta, Guenko morava em Rondonópolis, principal centro econômico da porção sul mato-grossense. O cidadão Guenko tinha planos de criar uma cidade em suas terras. Corria o tempo de grandes colonizações no Estado de Mato Grosso, embalado pelos incentivos que o próprio governo estadual oferecia. Os exemplos eram muitos nesta época: Porto dos Gaúchos, Planalto da Serra e a vizinha Jaciara, dentre outros lugares.

Para pôr seu plano em funcionamento, foi até a cidade paulista de Lins, atrás de Jinya Konno. Expôs seu plano ao patrício e convidou-o a trabalhar consigo. Combinaram entre si, e Jinya Konno não demorou a transferir sua residência para as terras de Guenko, a fim de administrá-las e iniciar o processo de colonização. Desta forma, a 20 de setembro de 1954, num período politicamente perturbado, com a morte do presidente Getúlio Vargas, havida a poucos dias, chegou ao Vale do Rio Jurigue, o determinado Konno, sua esposa, três filhos menores e pequena bagagem. 

De início travou contato com o cidadão Guenko em Rondonópolis. Iniciaram o traçado das normas e diretrizes do trabalho de colonização desta área. Um dos resultados desta primeira reunião de trabalho, foi a denominação do núcleo principal de colonização – Vale do Jurigue. O nome da nascente cidade era uma homenagem ao Rio Jurigue, que banha a região. Lançada a semente povoadora, inúmeras famílias afluíram à região, sempre atraídas pela propaganda que se fazia dos predicados do lugar: terra boa farta e de baixo custo. As dificuldades iniciais eram enormes, a infraestrutura, deficiente. As famílias tinham que deslocar-se à Rondonópolis para a compra de víveres. O percurso era feito a cavalo, ou então em lombo de burro, quando não à pé.

Com o passar dos anos a situação foi melhorando. As primeiras famílias começaram a dispor de melhores recursos, foram construídos os primeiros armazéns de “secos e molhados” e as primeiras safras de lavoura deram seus frutos.

Noda Guenko pretendeu alterar a denominação do patrimônio. Ao invés de Vale do Jurigue, achou mais sugestivo Alto Jurigue. A primeira providência foi a confecção de novos mapas de loteamento, incluindo o novo nome do patrimônio, que muito agradou a Guenko.  Porém, a comunidade já tinha sua preferência para denominar o lugar – Pedra Preta. É simplesmente uma referência geográfica, mas que marca realmente o sítio urbano, pois inúmeras pedras de cor preta emergem do leito de um córrego que corta a região da sede municipal. Os colonos, em suas idas e vindas, cruzavam permanentemente o lugar, chamando o vilarejo de Pedra Preta, além do que, os próprios moradores também o faziam. Não usavam a designação oficial, ainda mais quando mudou de nome. Isto certamente lhes confundia a mente, a referência deu nome ao atual município. 

Diante do impasse toponímico, juntaram-se Konno e Guenko e determinaram nova modificação no mapeamento do loteamento. Desta feita o nome que constava era Pedra Preta, destinado a perpetuar-se. Uma vitória do povo.

A Lei nº 3.688, de 13 de maio de 1976, de autoria do deputado estadual Afro Stefanini, criou o município: 

Artigo 1º – Fica criado o município de Pedra Preta, desmembrado de área do município de Rondonópolis, com sede na localidade do mesmo nome.

SIGNIFICADO DO NOME: Trata-se de referência a inúmeras pedras de cor preta que permeiam o leito de pequeno curso d´água que banha a sede municipal.

VEJA AQUI DADOS DO IBGE SOBRE O MUNICÍPIO DE PEDRA PRETA