A região era primitivamente habitada pelo povo indígena xavánte. Ainda hoje em dia uma parte da Área Indígena de Sangradouro abriga os remanescentes desse povo. Graças à sua posição geográfica estratégica, o território do município de Novo São Joaquim foi movimentado, a partir do século XVIII, via fluvial, por expedições de reconhecimento, mineradoras e científicas.

A primeira notícia que se tem de bandeirante na região remonta a 1676, quando Manoel de Campos Bicudo passou pelo Rio das Mortes, em busca das célebres Minas dos Martírios, pela região da barra do Rio Araguaia. Posteriormente a região foi trabalhada por seringueiros, sem, no entanto, se registrar fato de maior monta.

O território do município de Novo São Joaquim também recebeu influência da colonização desenvolvida pela Fundação Brasil Central, sem que houvesse, entretanto, movimento colonizador pronunciado.

O desenvolvimento da região se prende ao movimento moderno de colonização a partir dos incentivos fiscais e correção de solo do cerrado. Desde então centenas de famílias iniciaram o fluxo migratório a esta região, visando o plantio de lavoura em grande escala. Eram geralmente pessoas vindas do sul brasileiro.

O início da povoação se deu com a chegada de famílias isoladas. Registra-se os seguintes nomes de pessoas com suas famílias que ali se estabeleceram em 1960: Pedro David, João David e Manoel Pereira Brito, no ano seguinte foi a vez de Damásio Moreira Lima e Paulo Brito e, em 1962 veio José Gery David, todos com suas respectivas famílias. O povoado tomou para si o nome de Gleba Aldeia, pois se formou em cima de antiga aldeia indígena e, inclusive, com o estabelecimento de outras famílias, com destaque para José Nunes da Silva e família. O primeiro professor e também farmacêutico foi o Sr. Divino Nunes da Silva. A povoação não prosperou conhecendo total decadência. Em 1965 ocorreu invasão de terras na região da Cachoeira da Fumaça.

O núcleo de povoamento começou em 29 de junho de 1972, a partir da instalação da máquina de beneficiamento de arroz do Sr. Olímpio José Martins, vindo do Estado de Goiás.

Dois anos após o Sr. Joaquim Rodrigues Alves doou cinco hectares de terras para formação do povoado, que teve grande impulso a partir de 1980. Neste período foi implantado o Projeto de Colonização Agrícola Itaquerê, por migrantes sulistas e influência do pastor luterano Norberto Schwantes. A boa qualidade do solo atraiu muita gente ao lugar. Nesta nova fase colonizadora a primeira escola foi batizada de Escola Municipal Machado de Assis, da prefeitura de Barra do Garças, sendo primeiras professoras Ana Ferreira Martins, Aparecida de Jesus e Amélia.

O primeiro nome do povoado foi São Joaquim do Rio Manso, em homenagem ao Sr. Joaquim Rodrigues Alves, à viação de ônibus Rio Manso e ao santo padroeiro da localidade, São Joaquim. 

O distrito de São Joaquim do Rio Manso foi criado a 4 de novembro de 1981. Em janeiro de 1982, a Fazenda Santa Augusta, de propriedade do Sr. Augusto Maester, foi palco de uma grande reunião, cujo objetivo era definir o nome do distrito, que não agradava a todos. Por unanimidade, o nome escolhido foi de Novo São Joaquim. Foi acrescentado o termo “Novo”, para diferenciar o município mato-grossense de outro, homônimo, existente em Santa Catarina.

O município foi criado pela Lei Estadual nº 5.007, de 13 de maio de 1986. O primeiro prefeito foi o senhor Jerônimo de Carvalho David, tendo como vice o senhor Sebastião Rodrigues Roque. Foram eleitos vereadores os senhores Antônio Andrade, Divino Nunes da Silva, Florentino Alves Moreira, João César Lopes Araújo, Miguel Mesquita Marques, Paulo Alves de Brito e Sebastião Pereira da Silva.

SIGNIFICADO DO NOME

A denominação da localidade é homenagem ao Sr. Joaquim Rodrigues Alves. 

VEJA AQUI DADOS DO IBGE SOBRE O MUNICÍPIO DE NOVO SÃO JOAQUIM