Fator determinante para a colonização da cidade de Vila Rica foi a construção da rodovia BR-158, favorecendo o estabelecimento de empresas agropecuárias na região. De movimentação antiga, o núcleo que deu origem ao atual município tem história relativamente recente. 
Vila Rica foi fundada pelo sr. Rubens Rezende Peres, vindo de Minas Gerais, em 1978, à região, trazendo consigo a Colonizadora Vila Rica. Foi implantado um projeto de colonização na divisa com o Estado do Pará, visto a posição geográfica estratégica onde está assentada a sede municipal. Neste período também estabeleceleram-se na região, vindos no rastro do colonizador Rubens Resende Peres, os pecuaristas Jonas Barcelos, Nuviato Schetino, dentre outros nomes. 
A primeira denominação de Vila Rica foi Servap, sigla de Serviços Auxiliares da Agropecuária Ltda, criada pelo colonizador para prestação de serviços nos primeiros tempos. Após algum a Colonizadora Vila foi vendida ao Banco Econômico da Bahia. 
A cidade de Vila Rica foi cuidadosamente planejada no período de sua fundação, com terras doadas por Alair Álvares Fernandes, para formação do núcleo urbano. O traçado da cidade, que lhe dá um formato de sino, foi idealizado pelo paisagista suiço dr. Roberto Khuno. É dividida em dois setores: Setor Norte e Sul, sendo margeada pela BR 158. No entanto, com o crescimento acentuado, o projeto urbanístico original foi desfigurado com o surgimento de vários bairros e loteamentos urbanos. 
O nome da cidade advém do nome da Colonizadora Vila Rica. No entanto, também corre a versão que os primeiros moradores da localidade, que vieram de Minas Gerais, homenagearam o lugar que escolheram para morar com o nome de Vila Rica, em referência a antiga Vila Rica de Ouro Preto. A Vila Rica de Ouro Preto a que se referiam os pioneiros chamava-se inicialmente Vila Rica de Albuquerque (1720). Com o passar dos anos o ouro decaiu e a cidade deixou de ser uma vila rica. A partir de 1823, a Vila Rica de Minas Gerais passou a denominar-se Cidade Imperial de Ouro Preto, mais tarde simplesmente Ouro Preto. 
Em 12 de novembro de 1981, a povoação de Vila Rica, em Mato Grosso, tornou-se distrito do município de Santa Terezinha. O município de Vila Rica foi criado em 13 de maio de 1986, através da Lei Estadual nº 5.001.