Pecuária Extensiva: Competição com a fauna nativa; desequilíbrios.
Pesca e Caça Predatória: Diminuição dos estoques pesqueiros; desequilíbrios, risco de extinção de algumas espécies de jacarés e outras espécies.
Garimpo de Ouro e Pedras Preciosas: Erosão, assoreamento e contaminação dos cursos d’água nas cabeceiras dos rios que formam a Bacia do Rio Paraguai, com impactos diretos no Pantanal.
Turismo Desordenado e Predatório: Desequilíbrios; estresse e morte de aves devido a fogos usados para provocarem revoadas e a saquinhos – garrafas de plásticos jogados que, se ingeridos por um animal, podem matá-lo.
Aproveitamento dos Cerrados: Manejo agrícola inadequado de lavouras resultando em erosão dos solos, o que aumentou significativamente o sedimento de vários rios que deságuam no Pantanal; contaminação dos rios com biocidas e fertilizantes.
Lixo e Dejetos Urbanos: Esgotos de centros urbanos (especialmente Cuiabá) e hotéis de turismo que se estabelecem às suas margens.
Obs: A grande quantidade de água do Pantanal origina-se de outras fontes e regiões: das chuvas e dos rios que nele deságuam, principalmente da bacia do Alto Paraguai. Daí a necessidade de uma política global de recuperação e preservação dos recursos hídricos que o abastecem.
Fonte: O Desafio do Desenvolvimento Sustentável.