A região tem tradição garimpeira, pois o Rio Pombas é reduto de garimpagem há muito tempo. No início da exploração os aventureiros do garimpo tinham mais facilidade em suas atividades, pois os diamantes afloravam nas encostas e leitos de rios. Com o passar do tempo foram necessários equipamentos modernos para a prospecção diamantífera. As gemas tornaram-se mais difíceis de serem encontradas e não é todo mundo que tem capital suficiente para o investimento necessário.

A região acompanhou o desenvolvimento do município de Jaciara, que foi colonizado pela CIPA-Companhia Industrial Pastoril e Agrícola.

Nicola Rádica, italiano de nascimento e paulista por vocação, foi o grande pioneiro de São Pedro da Cipa. Encantou-se com as terras e matas banhadas pelo Rio São Lourenço e adquiriu terras na região. Rádica chegou ao Vale do Rio São Lourenço em 1949. Veio atraído pela intensa propaganda que se fazia das terras férteis e virgens do lugar. O italiano Nicola chegou após uma viagem aérea, realizada juntamente com Milton Ferreira – colonizador – um dos sócios da Companhia Industrial Pastoril e Agrícola, que havia adquirido 70 mil hectares de terras do governo estadual na região.

A viagem de avião foi trágica. Uma pane ocorrida quando a aeronave sobrevoava o Pantanal mato-grossense, obrigou o piloto a um pouso forçado. Não se verificou nenhuma baixa. No entanto os dias que se seguiram foram de pânico. Os sobreviventes percorreram quilômetros de área pantanosa, enfrentando todo tipo de adversidade que o ecossistema oferece. Foram salvos pela providencial ajuda de uma família pantaneira. Nicola Rádica não se deixou abater com este acontecimento. Fixou residência às margens do Rio São Lourenço, numa homenagem ao belo rio que banha a região. Nos dias de hoje, infelizmente não se pode dizer, pelo menos nas cercanias de São Pedro da Cipa, que o São Lourenço é um belo rio. Está assoreado e suas águas turvas tornaram-se barrentas. É o preço do progresso.

Formou-se então um pequeno povoado, às margens da rodovia que liga Rondonópolis à Cuiabá, nas proximidades de Jaciara. 

O primeiro nome que o núcleo recebeu foi Centro-Nápolis. Não pegou. Foi então que surgiu o nome de São Pedro da Cipa. São Pedro por ser o santo padroeiro da comunidade e Cipa é referência à companhia colonizadora que era dona das terras em que proliferou o atual município. As terras férteis atraíram muita gente à região. Os primeiros povoadores ficaram entusiasmados com a idéia de plantarem café, já que os colonos vinham de região cafeeira paulista. O café foi a primeira grande cultura do lugar.  

A Lei nº 1.120, de 17 de outubro de 1958, criou o distrito de Pombas, em região eminentemente garimpeira. A 20 de dezembro de 1991, através da Lei Estadual nº 5.906, de autoria do deputado estadual Hermes de Abreu foi criado o município:

Artigo 1º – Fica criado o município de São Pedro da Cipa, desmembrado dos municípios de Jaciara e Dom Aquino.

SIGNIFICADO DO NOME:

A denominação da localidade é homenagem ao santo padroeiro da comunidade, São Pedro, comemorado em todo 29 de junho, e referência à companhia colonizadora que era dona das terras em que proliferou o atual município, a CIPA-Companhia Industrial Pastoril e Agrícola.

VEJA AQUI DADOS DO IBGE SOBRE O MUNICÍPIO DE SÃO PEDRO DA CIPA